Игумен Иона (1865–1870)

В ноябре 1865 года был назначен новый настоятель пустыни. Им стал постриженик Соловецкой обители и бывший там наместником игумен Иона.
Это был человек очень строгих правил, отмеченный очень многими наградами за свои труды. Он имел от Высочайшего кабинета золотой наперсный крест, второй наперсный крест от Святейшего Синода, третий бронзовый на Владимирской ленте и бронзовую медаль в память военных событий 1853–1856 годов на Андреевской ленте и за отражение от Соловецкого монастыря нападения английских кораблей. Он внес в пустынь строгое житие и правило Соловецкой обители.

В 1866 году были полностью завершены отделочные работы на соборе Христа Спасителя и в его подклете. Подвал был устроен архитектором Николаем Ильичом Козловским. Все финансовые работы взял на себя Иван Семенович Соловьев с братьями. Братья Соловьевы пожертвовали в собор серебро — позлащенные хоругви. В 1867–1868 годах между угловым корпусом гостиницы и угловым конным двором в глубине был выстроен 2–х этажный дом с каменным первым этажом для приходящих неимущих странников. Здесь же была устроена безвозмездная трапезная, подаваемая каждодневно.

В 1869 году был выстроен для проезда деревянный мост на сваях через реку Воря. Внутри пещер над колодцем старца схимонаха Макария был устроен гидропульс для поднятия воды, подаваемой в чашу, стоявшую под образом иконы Божией Матери Живоносный источник. При храме Иоанна Предтечи над пещерами были окончательно доделаны и обустроены келии.

В 1870 году игумен Иона, почувствовав недомогание телесное и много потрудившись во славу пустыни, испросился на покой и уехал на жительство на Афон, а в последующее время стал настоятелем во Введенской Макарьевской Жабынской пустыни.